В начале XVII в. тибетский буддизм из Монголии проник на север к бурятскому населению Забайкалья. Вторая линия пришла непосредственно из Тибета. С целью ослабления позиции Богдо-гегенов и влияния монголов и маньчжуров в этой части России, царь дал настоятелям Гусиноозерского дацана, как главам бурятского буддизма, титул Бандидо Хамбо-Лама. Таким образом бурятская традиция стала официально независимой от монгольской церкви.
В 1741 году императрица Елизавета Петровна издала указ, согласно которому в Бурятии признавалось существование ламаистской веры и утверждалось 11 дацанов и 150 штатных лам. Эта дата считается датой официального признания буддизма в России.
К 1846 г. в Бурятии было выстроено уже 34 дацана. Затрачивая массу усилий и материальных средств, буряты сумели импортировать из Тибета, Китая, Монголии громадное количество сокровенной литературы и перенять многие живые традиции как господствующей школы Гелуг, так и других направлений буддизма.
После ликвидации в конце XVIII века Калмыцкого ханства "калмыцкая степь" превратилась в один из административно-территориальных районов царской России, подчиненный астраханскому военному губернатору. Согласно Высочайше утвержденному Положению об управлении калмыцким народом, принятому в 1834 г., буддийская церковь была полностью подчинена царской администрации. Незадолго до революции 1917 года к семье российских буддистов присоединились и буддисты Южной Сибири - тувинцы - единственный тюркский народ, исповедующий буддизм.
В связи с развитием международных связей России на востоке, и в частности для установления прямых связей царского правительства с теократическими правительствами Монголии и Тибета, в Петербурге, столице Российской империи, строится буддийский храм на средства главы тибетских буддистов Далай-ламы и на пожертвования, собранные в Бурятии и Калмыкии. Значительную сумму на строительство пожертвовал также и Богдо-геген, глава буддистов Монголии. Строительством и деятельностью храма руководит представитель Тибета, выдающийся бурятский лама Агван Доржиев. После образования Советского Союза Коммунистическая партия, которая ни за что не позволила бы посягнуть на свою мировоззренческую "монополию", опиралась на буддизм лишь до тех пор, пока он был для неё полезен.
Различные законы и постановления, принятые в период с 1918 по 1929 год, постепенно сужали возможности религиозного образования. Как только Компартия укрепила свою власть в Бурятии и Калмыкии, она не оставила сомнений в том, что эти законы распространяются также и на буддистов. Приблизительно с 1929 года можно говорить об антибуддийской компании. В партийной прессе и коммунистических справочных изданиях появились статьи, в которых, в сопровождении цитат генерального секретаря Сталина, говорилось о несовместимости буддизма и коммунизма. К 1935 году примерно треть дацанов пустовала из-за отсутствия духовенства - бежавшего или репрессированного. В 1936 г. под предлогом, что 22 из 29 действующих дацанов находились в пограничной зоне, все они были закрыты, а ламы выселены как "враги народа" и "японские шпионы". Аналогичные процессы шли в Калмыкии и формально независимой Тыве.