Со смертью 13-го Далай-ламы в декабре 1933 года храм в Санкт-Петербурге (тогда - Ленинграде) лишился особенного статуса - официальные церемонии там больше не проводились. 24.8.1937 считается одним из самых чёрных дней в истории российского буддизма. Работники НКВД внезапно ворвались в здание храма и схватили всех, кто там находился. В эту же ночь большинство из них в главном здании КГБ Ленинграда по приговору "Тройки", знаменитого трибунала советской секретной службы, были осуждены и расстреляны на месте.
В Калмыкии за период 1917-1937 гг. было ликвидировано 79 хурулов. Вскоре после революции закрыли одну из двух духовных академий, Чоре, вторая просуществовала до 1933 г. В результате "последовательной борьбы за молодое поколение" в 1937 г. в хурулах не осталось ни одного послушника-манджи. Упразднение в 1943 г. калмыцкой автономии и выселение калмыцкого народа в Сибирь сняло сам вопрос о существовании храмов и буддизма в Калмыкии.
В Тыве, как и в Калмыкии, все храмы были сожжены дотла. И если у калмыков все же сохранилось одно здание - каменный Хошеутовский хурул князей Тюменей, - в Туве остались лишь остатки метровой толщины стен Чаданского хуре.
С 1944 года меняется советская религиозная политика. Руководство страны осознало, как сильно оно зависело от любой мыслимой поддержки внутри своей страны во время Второй мировой войны. Некоторые религиозные организации были частично реабилитированы.
В 1946 году был создан "Центральный буддийстский совет" и назначен новый Хамбо-лама. Недалеко от Улан-Удэ снова возник Иволгинский монастырь, а в последующие годы были открыты Ага-Дацан (в окрестностях Читы), а также некоторые храмы в Кызыле (Туве), Астрахани (близ Калмыкии), а также в столице Монголии Улан-Баторе. Их использовали отчасти как музеи, открытые для посетителей. На самом деле буддисты Советского Союза ещё долгое время не могли получить религиозную свободу. Глубокие поучения были практически утрачены, до храмов было тяжело добираться, а популярные религиозные праздники превращались в массовые попойки. Ламы регулярно призывали народ к перевыполнению пятилетнего народнохозяйственного плана. Те немногие старые ламы, которые пережили сталинский террор и могли считаться в какой-то степени образованными, изолировались от остальной Сангхи, занятые исследованиями древних рукописей в музеях и институтах. Под прикрытием "живого" буддизма советское государство преследовало в основном внешнеполитические цели. Оно хотело привлечь к себе таким образом буддийские государства Азии - например, Бирму.